食用菌除了美味可口、营养丰富，是人们餐桌上的美味佳肴外，大多数还具有保健和食疗功能，是天然药物的重要组成部分。国际蕈菌生物技术服务中心主任、香港中文大学张树庭教授将食用菌的价值概括为“可食、可补、可药”。我国利用食用菌食补食疗、防病治病的历史极为悠久，2000多年前的《神农本草》就记载了灵芝、猪苓等10余种真菌药物;明代的《本草纲目》收录了真菌药物40余种。1974年，刘波教授编著的《中国药用真菌》收录了78种药用真菌，1978年再版时增至117种;应建浙等人编著的《中国药用真菌图鉴》收录了272种具有保健和食疗作用的真菌。国内外对于药用真菌药效成分及功能的研究目前主要集中在多糖、萜类化合物、生物碱等方面。
已知食用菌有如下食疗保健作用。
(1)抗肿瘤作用
自1930年德国科学家发现担子菌中的一些种有抗肿瘤活性，尤其是日本科学家千原从香菇中提取出多糖，1969年证明香菇、金针菇、松茸等担子菌具有良好的抗肿瘤活性以来，人们已发现大多数食用菌都含有多糖和糖蛋白等抗肿瘤活性成分。食用菌多糖的抗肿瘤活性并非直接杀灭肿瘤细胞，主要是通过提高机体的免疫力而起作用，这是食用菌与其他抗癌化学药物抗肿瘤机理不同之处。
(2)调节血脂
食用菌多糖可提高脂肪的代谢水平，降低血清中胆固醇、甘油三脂等。许多食用菌都有降低胆固醇的良好作用。还有对心肌缺血的保护和抗凝血及抗血栓形成的作用。
(3)增强人体免疫力
食用菌所含的多糖类生理活性物质可使免疫T细胞和B细胞的数量增加，同时增强巨噬细胞的吞噬能力，提高杀伤细胞的活性，保护机体不受病菌和病毒的侵袭。
(4)保护肝脏
肝脏是人体的“化工厂”，参与蛋白质的合成、化学物质的代谢与解毒。香菇和云芝的多糖组成，是治疗乙型慢性肝炎的有效药物;香菇、猴头菇、银耳等食用菌对化学性肝损伤和病毒性肝炎有不同程度的保肝解毒作用。如灵芝的乙醇提取物、银耳多糖、香菇多糖等对四氯化碳引起的化学性损伤（中毒性肝炎）所致谷丙转氨酶（GTP）升高有降低作用，并减轻肝脏的病理损伤，还能不同程度地促进肝细胞再生，促进肝脏蛋白质合成，促进核酸代谢以及提高免疫力等，可预防肝硬化。
(5)延缓衰老
食用菌多糖能明显降低心肌组织的脂褐质含量，增强体内SOD酶（超氧化物歧化酶）的活力，从而清除体内氧自由基等有害物质，达到延缓衰老的效果。有一些食用菌对人体大脑的生长发育有一定的补益作用，能够增强记忆和维护脑健康。
除以上功能外，一些食用菌还分别有润肠通便、镇静镇痛、消炎、镇咳祛痰、平喘、降血糖以及抗辐射等作用。随着科学技术的发展，还会有更多具有医疗保健功能的食用菌及其作用机理被发现。